Znaczny wzrost ciśnienia w klatce piersiowej podczas badania powoduje, że jest ono bezwzględnie przeciwwskazane, jeżeli pacjent ma tętniaki tętnic mózgowych, tętniaki aorty o średnicy powyżej 6 cm, zwiększone ciśnienie wewnątrzczaszkowe, niekontrolowane nadciśnienie tętnicze, niestabilną dławicę piersiową, odmę opłucnej lub masywne krwioplucie o niewyjaśnionej przyczynie. Spirometrii nie wolno też wykonywać krótko po przebytym zawale serca (zależnie od stanu pacjenta, zwykle do miesiąca po wypisaniu ze szpitala), podczas hospitalizacji z powodu udaru mózgu ani krótko po zabiegach w obrębie mózgowia (do sześciu tygodni po zabiegu) i okulistycznych, takich jak okuloplastyka (do dwóch tygodni po zabiegu), operacyjne leczenie odwarstwienia siatkówki (do dwóch miesięcy), zabiegi w obrębie ciała szklistego (również do dwóch miesięcy), czy zabiegi w przedniej części gałki ocznej (do pół roku po zabiegu). Przeciwwskazaniami względnymi są stany znacznie utrudniające prawidłowe wykonanie badania, jak świeżo przebyte operacje w obrębie klatki piersiowej i jamy brzusznej, czy uporczywy kaszel. U kobiet ciężarnych nie powinno się wykonywać prób prowokacyjnych i badania nadreaktywności oskrzeli, a jeżeli występuje stan przedrzucawkowy lub niewydolność szyjki macicy powinno się odstąpić od wykonywania spirometrii. Zaawansowana ciąża może sprawiać trudności w interpretacji wyników.